W jedynym w Polsce Muzeum Witrażu, poza obiektami stałej ekspozycji, można obserwować niezmienny od setek lat proces powstawania witraży. Struktura kamienicy, w której znajduje się teraz Muzeum, a która wybudowana została specjalnie dla potrzeb Krakowskiego Zakładu Witrażów S.G. Żeleński, również pozostała niezmieniona. Wnętrza kamienicy oraz wyposażenie pracowni, przez którą wiedzie szlak “żywego Muzeum” zachowały swój oryginalny charakter.

Olbrzymie sukcesy Zakładu założonego w 1902 roku, tak komercyjne, jak i artystyczne pozwoliły na szybki i błyskotliwy rozwój Pracowni, która przez długie lata pełniła znaczącą, kulturotwórczą rolę otrzymując odznaczenia na krajowych i światowych wystawach za najwyższy poziom wykonywanych dzieł. Z Zakładem współpracowali najznamienitsi polscy artyści początku XX wieku. To tu powstały najwybitniejsze dzieła polskiej sztuki witrażu.

W procesie powstawania witraży, poza samym projektem, na podstawie którego są wykonywane, największe znaczenie ma kontakt artysty z warsztatem. Możliwość współpracy projektanta z rzemieślnikami i pracownią, w której powstaje dzieło jest konieczna do właściwego oddania intencji artysty. Najwybitniejsi polscy projektanci, którzy współpracowali z Zakładem, tacy jak Wyspiański, Mehoffer, Bukowski czy Frycz niejednokrotnie podkreślali wagę współpracy pomiędzy artystą a rzemieślinikiem w dobrze wyposażonej pracowni, która nie tylko pozwalała oddać zamierzenie projektanta, ale równieź stworzyć możliwość dokonania zmian w projekcie przez autora w trakcie powstawania dzieła. Nawet jeśli oznaczało to wymianę połowy szkieł na nowe...

W Muzeum, oprócz możliwości zapoznania się z procesem powstawania witraży oraz stałą ekspozycją historycznych zbiorów, wyodrębniona została Galeria Szkła Współczesnego. Tam, na wystawach czasowych, prezentowane są dzieła artystów, którzy w swoich eksperymentach ze szkłem często wyszli poza klasyczny witraż, tworząc nowoczesne rzeźby i instalacje szklane.

W 2008 roku powołana została do życia Fundacja Muzeum Witrażu, której celem jest promocja sztuk plastycznych, w szczególności współczesnego szkła artystycznego, szkła w architekturze i sztuki witrażowej oraz opieka nad historyczną spuścizną polskiej sztuki witrażowej XX wieku, zwłaszcza nad unikatowymi zbiorami założonego w 1902 r. Krakowskiego Zakładu Witrażów S.G. Żeleński i Muzeum Witrażu.