Muzeum powstało w 1963 r. i otrzymało początkowo jedno pomieszczenie w popaulińskim, barokowym klasztorze. Uruchomienie placówki muzealnej pozwoliło na zabezpieczenie detali architektonicznych z nie istniejącego zamku i XIV w. Kościoła Św. Ducha oraz innych zabytków. Wyzwoliło wiele cennych inicjatyw wśród lokalnego społeczeństwa, a szczególnie młodzieży. Stopniowo coraz więcej z nich utożsamiało się z działaniami muzeum, współuczestniczyło w powiększaniu zbiorów i rozszerzało zainteresowania własną kulturą i historią
Pierwszy statut nadano muzeum w 1967 r., a po uzyskaniu kolejnych pomieszczeń od 1970 r. rozpoczęto działalność wystawienniczą.
Obecnie placówka zajmuje część zachodniego, północnego oraz wschodnie skrzydła parteru z zejściem do XV w. gotyckich piwnic pierwotnego klasztoru Paulinów.
Muzeum wielodziałowe:
- dział archeologiczny (wiodący)
- dział artystyczno-historyczny
- dział etnograficzny
W inwentarzu działu archeologicznego znajdują się detale architektoniczne, ceramika grobowa i użytkowa, przedmioty z krzemienia, brązu i żelaza, monety i inne. Pozyskane z darowizn, zakupów, wykopalisk.
W inwentarzu działu artystyczno-historycznego znajdują się starodruki (rękopisy, dokumenty, książki, mapy, przedmioty użytkowe, numizmaty, pieczęcie, militaria i inne). Pozyskane w drodze darowizn i zakupów.
W inwentarzu działu etnograficznego znajdują się przedmioty użytkowe z drewna, metalu, wikliny a także tkaniny i oleodruki. Pozyskane w drodze darowizn i zakupów.
Zbiory Muzeum regionalnego w Pińczowie pochodzą z terenu Ponidzia i dokumentują tradycje, historię i kulturę tej krainy od czasów najdawniejszych po współczesne.
Muzeum, poza gromadzeniem, dokumentowaniem i udostępnianiem zbiorów, organizuje następujące formy działalności:
- sesje popularno-naukowe
- wystawy rocznicowe, wystawy malarstwa i rzeźby
- profesjonalne koncerty muzyki klasycznej
- koncerty i konkursy pianistyczne dzieci i młodzieży szkół z regionu
- pozyskiwanie środków, nadzór nad remontami i konserwacją oraz udostępnianie do zwiedzania synagogi /XVI - XVII w./ i lapidarium XIX w. rzeźby nagrobnej
- działalność wydawnicza - katalogi wystaw czasowych, przewodniki, pocztówki okolicznociowe.