Kościół przez wieki chronił dzieła sztuki, dlatego wiele z nich ocalało z pożogi wojen światowych i dewastacji okresów późniejszych. Odwilż polityczna przełomu lat 60-tych i 70-tych oraz ustawa sejmowa z 1972 r. zwróciły uwagę na konieczność ocalenia dziedzictwa polskiej kultury. Był to impuls dla Konferencji Episkopatu Polski, która 25 stycznia 1973 r. wydała "Normy postępowania w sprawach sztuki kościelnej". Zaczęły one obowiązywać w całej Polsce od dnia 1 kwietnia 1973 roku.

Na mocy w/w "Norm" Biskup Siedlecki w 1974 r. powołał dwa urzędy. Były nimi: Diecezjalny Konserwator Zabytków i Wydział Artystyczno-Architektoniczny Kurii Diecezjalnej, wspomagany przez 10-osobową Komisję Artystyczno-Architektoniczną. Zadaniem pierwszego urzędu było zwrócenie uwagi administratorom parafii na konieczność ocalenia i przechowania dzieł sztuki sakralnej. Drugi urząd wspomagał budowniczych kościołów i tworzących ich wyposażenie, w zachowaniu estetycznego i sakralnego charakteru świątyni, często przy współistnieniu sztuki współczesnej obok dawnej.

W 1974 r. Biskup Siedlecki wydał polecenie diecezjalnemu konserwatorowi zabytków (ks. Tadeuszowi Kulikowi) uporządkowania zbiorów pozostałych po kolekcji należącej do Muzeum Diecezjalnego, istniejącego w latach 1918-1939 oraz nakazał gromadzenie wycofanych z kultu obiektów sztuki, celem uratowania tych dóbr przed dewastacją, rozproszeniem, bądź alienacją.

Zabytki już wcześniej zgromadzone oraz odnajdywane od początku lat 70-tych na strychach kościołów i plebanii lub darowane przez osoby prywatne, stanowiły zaczątek na nowo powołanego Muzeum. Dla przechowywania dzieł zostały udostępnione tzw. loże - sale nad zakrystiami Katedry Siedleckiej. Gdy eksponatów przybywało, a loże okazały się za małe, udostępniono także dwa dodatkowe pomieszczenia w Kurii.

Po wybudowaniu nowego zespołu gmachów Wyższego Seminarium Duchownego w Opolu k/Siedlec, w maju 1991 roku przydzielono na cele muzealne część starego budynku Seminarium przy ul. Bpa I. Świrskiego 56 (pierwsze piętro frontowej części budynku, zobacz także Jak trafić) na urządzenie Muzeum, w którym ma ono swoją siedzibę do dziś. (więcej, zobacz także Kalendarium).