Muzeum bocheńskie mieści się w dawnym klasztorze dominikanów, usytuowanym przy wschodniej ścianie rynku. Jest to obecnie dwuskrzydłowy, późnobarokowy gmach, lecz wiele elementów architektonicznych wskazuje, iż jego najstarsze fragmenty sięgać mogą nawet XVI w. Budynek ten nie jest jednak pierwotną siedzibą klasztoru OO. Dominikanów, założonego w Bochni przez Jana z Brzegu w II połowie XIV w. Wzniesione wtedy budynki klasztorne usytuowane były w pobliżu wschodniej linii umocnień miejskich, tam gdzie obecnie znajduje się wschodnie skrzydło budynku Sądu Rejonowego. Po zachodniej stronie
zespołu klasztornego wybudowano trójnawowy kościół pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny, do którego dobudowano w 1622 r. kaplicę różańcową.
Jej ślady, jak również pozostałości pierwszych budynków klasztornych i cmentarza, odkryto na początku lat 80-tych w rejonie ulicy Dominikańskiej. Zrujnowanemu na skutek licznych pożarów klasztorowi przyszedł w sukurs bogobojny i zamożny mieszczanin Stanisław Kowaliński, który darował braciom swój dom położony tuż przy rynku. Zakonnicy przeprowadzając się do nowej siedziby, dokonali modernizacji gotyckiej kamienicy i połączyli ją z sąsiednią. Ślady tego zabiegu są jeszcze dość dobrze widoczne w układzie piwnic muzeum.
O likwidacji klasztoru przesądził pożar w 1751 r. Podominikański budynek przejęła austriacka administracja salinarna. Obiekt gruntownie zmodernizowano i przystosowano do nowej funkcji.
W 1840 r. dobudowano doń wieżyczkę sanitarną, zaś w 1870 r. wprowadzono jeden dach łamany – wspólny nad korpusem i skrzydłem bocznym, w miejsce odrębnych dotąd nad nimi dachów.
W czasach zaborów w budynku starostwa gościli cesarze austriaccy: Józef II, Franciszek II i Franciszek Józef I.
Z obiektem tym wiążą się dramatyczne wydarzenia 1846 roku, określane mianem rabacji galicyjskiej. Tu bowiem znajdował się jeden z głównych ośrodków austriackiej intrygi w inspirowaniu krwawych wystąpień chłopskich przeciw Powstaniu
Krakowskiemu. Do początku lat 60. naszego stulecia gmach pełnił funkcje administracyjne.
Urzędowały w nim władze obwodu, starostwo bocheńskie, urząd skarbowy, rozmaite agendy administracji powiatowej.
W 1959 r. przeznaczono go na siedzibę muzeum.

Obiekt jest z pewnością jednym z najcenniejszych zabytków Bochni.
Posiada interesujące sklepienia wnętrz.
W piwnicach – są one kolebkowe o wątku ceglanym i kamiennym, w sieni przelotowej na parterze – kolebkowe z lunetami; w pomieszczeniach traktu południowego – dwuprzęsłowe, żaglaste na gurcie, zaś w innym – strop drewniany o profilowanych belkach.
Fragment zachowanej polichromi wnętrz klasztornych. W jednym z wnętrz na parterze zachowała się wnęka z fragmentem polichromii późnobarokowej, a więc z czasów, gdy budynek był klasztorem. Budynek ma również interesującą elewację
sgraffitową o podziałach ramowych, zrekonstruowaną według stanu z lat 30. XVIII w., podczas generalnego remontu obiektu
w latach 1969 – 1973. W elewacji podwórzowej malowniczy ganek drewniany z profilowanych belek i balustradą wyciętą
w desce. Narożnik płd.- zach. budynku podparty jest masywną skarpą (dawniej analogicznie podparty był narożnik płn.- zach.).
Dzisiejsze wejście główne do muzeum od strony Rynku, na osi elewacji frontowej, zostało przebite dopiero w latach przedwojennych. W murze zamykającym dziedziniec od wschodu przyciąga uwagę późnobarokowa furta z końca XVIII wieku w półkolistej archiwolcie, flankowana pilastrami, zwieńczona efektownym daszkiem.
Druga furta zamyka dziedziniec większy od strony ul. Tadeusza Kościuszki.