Muzeum Archeologiczne w Gdańsku jest spadkobiercą tradycji naukowych i kolekcjonerskich sięgających XVIII wieku, bowiem znaczna ilość cennych eksponatów archeologicznych z obszarów prawobrzeżnego Powiśla i Pomorza Wschodniego znajdowały się niegdyś w zbiorach Gdańskiego Towarzystwa Przyrodniczego / Sociates Physicea Experimentalis /, założonego w 1743 roku.
W roku 1845 Towarzystwo zakupiło dom - obecną siedzibę Muzeum Archeologicznego, który od tej pory zaczęto nazywać Domem Przyrodników. Zanim to jednak nastąpiło Towarzystwo Przyrodnicze rezydowało w reprezentacyjnej Zielonej Bramie pobudowanej dla królów Polski. Tam też prezentowano tę część zbiorów Towarzystwa, która od roku 1880 została przekazana do Westpreussisches Provinzial - Museum, utworzonego rok wcześniej. W roku 1904 w kolekcji znajdowało się m.in. ponad 300 urn twarzowych. Do powstania zbioru zabytków archeologicznych przyczynili się głównie członkowie Towarzystwa Antropologicznego, utworzonego jako sekcja Towarzystwa Przyrodniczego w dniu 1 maja 1872 roku, z inicjatywy A. Lissauera i afiliowanego przy Deutschen Gesellschaft fur Antrropolgie, Ethnologie und Urgeschichte.
Zabytki te przeszły następnie w posiadanie powstałego w 1920 roku Museum fur Naturkunde und Vorgeschichte.
W roku 1939 powołano w Gdańsku nowe muzeum noszące nazwę Gaumuseum fur Vorgeschichte, które przyjęło owe zabytki. Siedziba tej placówki, mieszcząca się przy ulicy Długie Ogrody 74, uległa spaleniu w czasie działań wojennych, a wraz z nią spłonęła większość omawianego zbioru.
W roku 1953 przy Muzeum Pomorskim w Gdańsku utworzono jednoosobowy Dział Archeologiczny, w którym zatrudniono Leona Łukę, późniejszego długoletniego dyrektora Muzeum Archeologicznego w Gdańsku. Już rok później, Konrad Jażdżewski - ówczesny kierownik Stacji Archeologicznej Zakładu Archeologii Polski Instytutu Historii Kultury Materialnej Polskiej Akademii Nauk, podjął starania o uzyskanie przydziału budynku odpowiedniego na siedzibę dla gdańskich archeologów.
Jesienią 1954 roku została wydana decyzja administracyjna o odbudowie kompleksu zabytkowych budynków na potrzeby przyszłego Muzeum Archeologicznego. Był to Dom Przyrodników i przylegająca doń oficyna, położone pomiędzy Długim Pobrzeżem, ul. Mariacką i ul. Dziana, oraz Bramą Mariacką leżąca u wylotu ul. Mariackiej, od strony Starej Motławy.
W roku 1955 zwiększono obsadę personalną działu o trzech pracowników merytorycznych i jednego pracownika fizycznego.

Większość gdańskich zbiorów archeologicznych zaginęła lub została zniszczona w czasie działań wojennych. Cześć zbiorów wywieziono w czasie wojny do Przyjaźni d. pow. Kartuzy, jednak bardzo niewiele z nich udało się później odnaleźć.
L.J. Łuka już od roku 1953 prowadził uwieńczone sukcesem starania o przekazanie do MAG zabytków pochodzących z Pomorza a przechowywanych w innych muzeach.
Zbiór zabytków archeologicznych znajdujący się obecnie w Muzeum Archeologicznym w Gdańsku pochodzi głównie z badań własnych, rozpoczętych w roku 1954. Po instytucjach muzealnych funkcjonujących w Gdańsku przed rokiem 1945, odziedziczono zaledwie 411 zabytków. W latach 1953 - 1963 pozyskano 500 zabytków, które jako depozyty trafiły do MAG m.in. z Muzeum Archeologicznego w Poznaniu, Muzeum Archeologicznego w Łodzi i Muzeum Pomorza Zachodniego w Szczecinie oraz 466 zabytków które trafiły do muzeum jako depozyty i dary innych instytucji oraz osób prywatnych. W tym samym czasie w wyniku prowadzonych przez MAG wykopaliskowych badań ratowniczych i badań powierzchniowych, muzealne zbiory powiększyły się o ponad 2600 pozycji.
Najliczniejszą, bo liczącą 6600 egzemplarzy grupę eksponatów, stanowiły w początkach istnienia muzeum, znaleziska z terenów Gdańska. Trafiły one do zbiorów MAG w latach 1952 - 1963 w wyniku badań prowadzonych przez Stację Archeologiczną IHKM PAN.
Obecnie zbiory zinwentaryzowane są jako 30 000 pozycji statystycznych, przy czym rzeczywista liczba zabytków jest o wiele większa, bowiem materiał z poszczególnych stanowisk o charakterze masowym, jak ceramika, kości, fragmenty kafli, szkła itp., jest liczona jako jedna pozycja.


Typologia zbioru
Muzeum Archeologiczne w Gdańsku gromadzi, przechowuje i opracowuje zabytki archeologiczne z terenów Pomorza Gdańskiego, od epoki kamienia, po czasy nowożytne. Największą kolekcję tworzą zabytki pochodzące z ratowniczych i systematycznych badań własnych MAG, prowadzonych na stanowiskach dokumentujących tożsamość kulturowa tego regionu, jak np: kultury rzucewskiej, grupy kaszubskiej kultury wschodniopomorskiej, wielbarskiej i oksywskiej, oraz z badań wschodniopomorskich grodów epoki plemiennej i najstarszych ośrodków miejskich, w tym szczególnie Gdańska, Gniewa, Tczewa, Stargardu Gdańskiego i Skarszew.
Jednymi z najciekawszych są: zespół zabytków kultury rzucewskiej z epoki neolitu, kolekcja popielnic twarzowych z wczesnej epoki żelaza, wyroby rzemiosła artystycznego z okresu wpływów rzymskich i wędrówek ludów, zbiór wyrobów bursztynowych datowanych od neolitu po późne średniowiecze, zabytki z grodu gdańskiego / X - XIII / i Gdańska XIV - XV wieku, kolekcja zabytków z Wyspy Spichrzów w Gdańsku stanowiącej ogromny kompleks portowo - magazynowy.