Muzeum Archidiecezjalne w Przemyślu zostało założone w 1902 roku uchwałą Synodu Diecezjalnego z inicjatywy ówczesnego biskupa przemyskiego Józefa Sebastiana Pelczara (1900-1924). Nakreślono wówczas zasadnicze zadania instytucji, która miała na celu otoczenie opieką zabytków dawnej sztuki kościelnej z terenu diecezji. W ciągu kolejnych lat gromadzono zbiory muzealne i przygotowywano ekspozycję. Zlokalizowana została ona w pojezuickim oratorium nad południową nawą kościoła pod wezwaniem Najświętszego Serca Pana Jezusa, wzniesionego na początku XVII wieku. Nowe muzeum uroczyście otwarto i poświęcono w sierpniu 1908 roku. W Statutach Synodu Diecezji Przemyskiej (20 września 1908 r.) zaznaczono, że w muzeum powinny być umieszczone wszystkie cenne zabytki, np. : stare pergaminy, ołtarze, posągi, obrazy, naczynie święte, przybory kościelne i zabytki jakiejkolwiek sztuki, aby nie niszczały. Muzeum w czasie II wojny światowej zasadniczo nie doznało uszczerbku. Problemy materialne odbiły się niekorzystnie na możliwościach eksponowania zgromadzonych zabytków. W 1991 roku muzeum otrzymało imię swojego założyciela Bł. Józefa Sebastiana Pelczara Biskupa, a od 1993 roku nosi nazwę: Muzeum Archidiecezjalne im. Bł. Józefa Sebastiana Pelczara Biskupa w Przemyślu. Zasoby muzealne zgromadzone w Muzeum Archidiecezjalnym w Przemyślu stanowią doskonały dokument historyczny, jak kształtowała się sztuka sakralna na terenie diecezji przemyskiej na przestrzeni wieków: od XV-wiecznych aż po współczesność.