Siedzibą muzeum jest późnogotycki Dom Długosza, wzniesiony w latach 1476-1478, przebudowywany w XVII w., od 1819 r. w posiadaniu ks. misjonarzy; powstało dzięki inicjatywie profesorów miejscowego Seminarium Duchownego, a swój ostateczny kształt zawdzięcza ks. Józefowi Rokoszemu, miłośnikowi sztuki, bibliofilowi i kolekcjonerowi; w 1905 r. powstało jako gabinet pomocniczy przy nauczaniu historii sztuki w seminarium; w 1937 r. uroczyście otwarte w obecnej siedzibie.

Zbiory muzeum obejmują przede wszystkim malarstwo od XV do XX w., w tym szczególnie interesujący zespół stanowią obrazy, portrety sandomierskich benedyktynek z XVIII-XIX w., portrety trumienne z XVII-XVIII w.; rzeźba sakralna od XIII do XIX w., Postacie alegoryczne (XVIII w.), Maciej Polejowski Krucyfiks oraz XVIII-wieczne postacie aniołów, a także fragmenty architektoniczne i rzeźbiarskie z ołtarzy; sztuka zdobnicza, w tym cenne m.in. szkła śląskie, czeskie i polskie (XVIII-XX w.), porcelana i fajanse polskie (Ćmielów), angielskie i z Delft (XVIII-XIX w.), przedmioty z kości słoniowej i masy perłowej, konwisarstwo i złotnictwo, w tym srebrny dzban perski z XVIII w., tkaniny, kolekcja fajek i tabakierek (XVIII-XIX w.); płyty miedziorytnicze i klocki drzeworytnicze (XVII-XIX w.); ryngrafy, kaplerze i relikwiarzyki; meble (XVIII-XIX w.), kafle i cegły (głównie romańskie), a także zbiory archeologiczne. .