Siedzibą muzeum jest gotycki zamek z XIV-XVI w., z dobudowanym w XVIII wieku skrzydłem barkowym; powstało jako Muzeum Mazurskie w 1945, przejmując zabezpieczone obiekty z dawnych zbiorów z terenu byłych Prus Wschodnich i Heimatmuseum w Olsztynie; w 1975 otrzymało obecną nazwę.
Zbiory: archeologiczne - zabytki z Warmii, Mazur i obszaru obwodu kaliningradzkiego ze wszystkich przedziałów chronologicznych od starszej epoki kamienia po średniowiecze i okres nowożytny, w tym najcenniejsze to brązowe misy romańskie z cmentarzysk sambijskich, wczesnośredniowieczne miecze proweniencji skandynawskiej i zachodnioeuropejskiej oraz naczynia terra sigilata z Pomielina - prowincjonalno rzymski import z Pons Auns; historyczne: dokumenty i pamiątki dotyczące polskości Warmii i Mazur oraz historii regionu od XVI w. po współczesność, w tym kartografia, ikonografia miast byłych Prus Wschodnich, dokumentacja wydarzeń historycznych, współczesnych i kulturowych oraz numizmaty; sztuki dawnej: dzieła sztuki średniowiecznej i nowożytnej oraz twórczość artystów miejscowych od XIX do 1 poł. XX w., wśród nich najcenniejsze to m.in. kolekcja sztuki gotyckiej z terenu Prus Krzyżackich, snycerka warmińska i królewiecka XVI-XVIII w., portret holenderski XVII w., portret szlachty pruskiej XVI-XIX w.; rzemiosła artystycznego: zabytki regionalne i o zasięgu europejskim od XV do XX w., w tym wyroby cynowe od XVI do XX w., ludwisarstwo - armaty i armatki, wyroby z miedzi i mosiądzu, w tym zespół blach trumiennych rodów pruskich, złotnictwo warmińskie XV-XX w., zespół kafli piecowych od XV do XX w., wyroby z drewna, w tym meble z XVI-XVIII w., z dużym zespołem skrzyń i kufrów oraz lad cechowych, tkaniny, m.in. kapa liturgiczna z altembasu włoskiego z końca XV w., chorągwie pogrzebowe z XVII w., sztandary cechowe z XIX w., zbiór bielizny damskiej z pocz. XX w.; zbiór ikon: głównie rosyjskich z XVI-XX w., w tym unikatowa kolekcja ikon staroobrzędowców z klasztoru w Wojnowie na Mazurach, a wśród nich najcenniejsza Chrystus Pantokrator w popiersiu z pocz. XVI w.; etnograficzne: dawna sztuka ludowa regionu od końca XVIII do XX w., w tym najcenniejszy zespół warmińskiej rzeźby sakralnej, kolekcja wyszywanych czepków warmińskich, zbiór mazurskich kafli malowanych z końca XVIII i XIX w. oraz warmińskie i mazurskie tkaniny ludowe; sztuki XIX i XX wieku: kolekcje współczesnego malarstwa i grafiki artystów polskich i obcych od pocz. XIX w., ceramiki współczesnej, szkła unikatowego, rzeźby, fotografii i plakatu, głównie związanego z regionem, w tym najcenniejsze malarstwo polskie z pocz. XX w., m.in. Jacka Malczewskiego, Józefa Mehoffera, Jana Stanisławskiego, Teodora Axentowicza, Stanisława Ignacego Witkiewicza; piśmiennictwa: rękopisy i stare druki królewieckie i braniewskie oraz zespoły rękopisów i maszynopisów literatów i działaczy regionalnych; przyrodnicze: zoologia, botanika i geologia (kopalna i współczesna) z terenu Polski płn.wsch., w tym najcenniejsze: liczący 460 arkuszy zielnik wybitnego botanika niemieckiego Hansa Steffena, zbiory entomologiczne i kręgowców, głównie ptaków, bogata kolekcja map, w tym niemieckich z pocz. XX w. oraz ok. 880 dermoplastycznych postaci ssaków, ptaków, ryb i gadów; fotograficzne: wśród których na szczególną uwagę zasługują fotografie J. Bułhaka.