Otwarte w 1961 r. Muzeum zajmuje dwie sale w pałacu Małachowskich, który został wzniesiony w latach 1751-1773, według projektu Ferdynanda Naxa. W 1878 r. pałac został przebudowany z przeznaczeniem na dom uzdrowiskowy. Zniszczoną w czasie II wojny światowej budowlę odrestaurowano w latach 1958-1960, przywracając ją do stanu pierwotnego (w tym również salę balową, uznawaną za jeden z piękniejszych przykładów architektury rokowej w Polsce). Pałac otoczony jest parkiem założonym przez Stanisława Małachowskiego, zwanym salonem Nałęczowa. W pokojach zajmowanych przez Muzeum mieszkał i tworzył w czasie swoich pobytów w uzdrowisku w latach 1882-1910 Bolesław Prus (właśc. Aleksander Głowacki), wybitny polski powieściopisarz okresu pozytywizmu i kronikarz Warszawy.