Siedzibą muzeum jest eklektyczny gmach wybudowany w latach 1908-1913 z przeznaczeniem na muzeum wg projektu Wilhelma Meyera Schwartau.
Muzeum zostało powołane przez Ministra Żeglugi w 1946 r., w 1950 r. włączone w skład Muzeum Pomorza Zachodniego (od 1970 r. Narodowego).
Zbiory archeologiczne - zabytki pochodzące z terenu Szczecina, Kołobrzegu, Kamienia Pomorskiego i Wolina obrazujące życie mieszkańców Pomorza Zachodniego oraz ukazujące związki tego obszaru z morzem na przestrzeni wieków oraz wpływy cywilizacji z południowej i zachodniej Europy - naczynia, przedmioty codziennego użytku, łodzie, broń, ozdoby z brązu i złota; Sztuka afrykańska - zabudowa wsi afrykańskiej: plamiona Malinke, Susu, Baule - narzędzia rolnicze, maski związane z kultem i stroje obrzędowe plemion Afryki Zachodniej, rzeźby m.in. szczególnie interesujące kamienne figurki "pomodoss" i "nomoli" plemion Kissi i Mande przedstawiające zmarłych; Dział Kultur Pozaeuropejskich - zabytki sztuki Dalekiego Wschodu z przykładami chińskiej ceramiki i rzeźby z okresu dynastii Tang z VII-X w. oraz wczesnej rzeźby japońskiej, a także broń i przedmioty codziennego użytku z Azji, Indonezji, Australii i Oceanii oraz Ameryki Południowej; Dział Morski - modele statków, przyrządy nawigacyjne, technika, mapy, obrazy; Etnografia Pomorza - meblarstwo, tkactwo, rybołówstwo, narzędzia rolnicze i rzemiosło oraz współczesna sztuka ludowa; Gabinet Numizmatyczny - banknoty, tłoki pieczętne, pieczęcie, w tym cenne miast i cechów pomorskich, ordery i odznaczenia, bardzo cenna kolekcja monet i medali pomorskich od XII do XIX w. oraz odkryte na terenie Pomorza Zachodniego skarby zawierające głównie monety pomorskie; w Dziale Przyrody - przyroda i geologia regionu.