Siedzibą muzeum jest gotycko-barokowy Ratusz Staromiejski przebudowywany na przełomie XIV i XV w. przez Heinricha Brunsberga. Muzeum powstało w 1975 r. w trzydziestą rocznicę wyzwolenia Szczecina jako Oddział Muzeum Narodowego.
Zbiory - związane z historią Szczecina od czasów najdawniejszych do współczesności: archeologiczne pochodzą z badań prowadzonych na Podzamczu i wzgórzu zamkowym; ikonografia historyczna, m.in. unikatowe grafiki z XVII i XVIII w., kolekcja ok. 200 planów Szczecina, pamiątki i archiwalia związane z wydarzeniami i mieszkańcami miasta; kolekcja rzemiosła artystycznego, w tym wyroby z cyny, kowalstwo artystyczne, skrzynie cechowe, meble, srebro i porcelana szczecińska z XIX w.; kolekcja militariów, w tym z czasów II wojny światowej i okresu powojennego; zbiór numizmatów z XIII i XIV wieku.