Dział Etnograficzny, początkowo funkcjonujący w ramach Muzeum Pomorskiego, w 1979 r. przeniesiony został do Pałacu Opatów w Gdańsku-Oliwie jako samodzielny Oddział Muzeum Narodowego w Gdańsku, w 1988 r. uzyskał nowe pomieszczenia w XVIII-wiecznym budynku Spichlerza Opackiego i został przemianowany na Muzeum Etnograficzne - Oddział Muzeum Narodowego.

Zbiory obejmują obszar Pomorza Wschodniego (grupy etniczno-kulturowe: kociewska, kaszubska, borowiacka, Dolnego Powiśla i Żuław) oraz, w mniejszym stopniu, tereny krain sąsiadujących: Wielkopolski, Kujaw, Warmii i Mazur. Stale uzupełniana jest też kolekcja pozaeuropejska, której zalążkiem były ocalałe po II wojnie światowej eksponaty z Muzeum Miejskiego (Staatliches Museum) w Gdańsku. Unikatowe w skali kraju są zbiory: mebli ludowych z Pomorza Wschodniego (skrzynie, kredensy, szafy, zydle z XVIII-XX w.), przedmiotów dokumentujących kulturę osadników fryzyjskich zamieszkujących deltę Wisły od XV w., ceramiki, tkanin i mebli przywożonych przez osadników przesiedlanych tu II po wojnie z terenów wschodnich (głównie z Wileńszczyzny).

Dyrektor: mgr Wiktoria Blacharska