Muzeum Mikołaja Kopernika, kanonika kapituły warmińskiej, wielkiego astronoma, otwarte zostało w roku 1948 r. właśnie we Fromborku, ponieważ tu w latach 1510-1543 uczony mieszkał i pracował. Zajmuje ono budynki odbudowanego po wojnie warownego zespołu katedralnego z XIV-XVIII w.: pałac biskupi, dzwonnicę (tzw. Wieżę Radziejowskiego, w podziemiu której działa planetarium), Wieżę Kopernika (nazwaną tak, bowem mieściło się tu jego jego mieszkanie), kanonie i Nowy Wikariat. Ponadto na tzw. Górze Żurawiej (1,5 km. od Fromborka) otwarte zostało letnie obserwatorium astronomiczne. Od 1990 r. w posiadaniu Muzeum znalazł się unikatowy zabytek architektury - zespół dawnego szpitala św. Ducha przy ul. Starej, jedyny w Polsce budynek szpitalny, który zachował się w stanie z końca XVII w. W kaplicy szpitalnej odsłonięto wcześniejsze, XV-wieczne malowidła ze scenami Sądu Ostatecznego. Równie stare są dwa zachowane do dzisiaj piece dawnej łaźni. W szpitalu mieści się teraz Dział Historii Medycyny (jak wiadomo Kopernik był również lekarzem), a na jego tyłach urządzony został ogród botaniczny, w którym rosną zioła lecznicze (tzw. herbarium).

Zbiory obejmują pamiątki kopernikowskie oraz obiekty związane z historią astronomii i medycyny. Są wśród nich dwa egzemplarze najsłynniejszego dzieła Kopernika "De revolutionibus..." z roku 1566 i 1617 oraz inne starodruki, grafiki z XVI-XIX w., znaczki pocztowe o tematyce astronomicznej i medycznej; przyrządy astronomiczne z XVIII-XIX w. oraz kopie tych, których używał Kopernik; wszystkie medale wybite ku czci Kopernika; aptekarskie ampułki, buteleczki, słoiki, moździerze i pojemniki drewniane (m.in. z XVI- XVIII w.); zabytki archeologiczne z terenu Fromborka i Wzgórza Katedralnego; wyroby rzemiosła artystycznego z XVI-XIX w., a także współczesne malarstwo, grafika, rzeźba i tkaniny artystyczne.