Powołane do życia w 1960 r. muzeum zajmuje obecnie kilka zabytkowych budynków w centrum Gdańska: Wielki Żuraw - dawny dźwig portowy z 1444 r. oraz trzy spichlerze portowe z XV-XVII w. o nazwach: Miedź, Panna i Oliwski; ma też swoje oddziały: Muzeum Rybołówstwa na Helu, Muzeum Wisły w Tczewie i dwa statki - "Sołdek" i "Dar Pomorza".

Zbiory muzeum związane są z historią portów, budownictwa okrętowego, żeglugi i handlu. Są wśród nich zabytki przemysłu stoczniowego, ratownictwa brzegowego i okrętowego, elementy wyposażenia statków, stare instrumenty nawigacyjne, mechanizmy napędowe, broń ręczna i pokładowa itp. Interesujące są kolekcje modeli słowiańskich łodzi, średniowiecznych statków gdańskich i elbląskich, okrętów wojennych z XVI-XVII w., polskich statków handlowych i pasażerskich z lat 1920-1939 oraz zbudowanych po 1945 r. statków i holowników rzecznych. Są też w zbiorach łodzie z rejonu Oceanii, Indonezjii, Indochin i Afryki. W muzeum prezentowane są również przedmioty z jachtu "Dal", którym Andrzej Bohomolec jako pierwszy polski kapitan jachtowy przepłynął Atlantyk, oraz pamiątki z dowodzonego przez Krzysztofa Baranowskiego w podróży dookoła świata jachtu "Polonez". Odrębne miejsce zajmują eksponaty związane z marynarską przeszłością wybitnego pisarza Josepha Conrada-Korzeniowskiego. Dzięki temu, że muzeum prowadzi własne badania dna morskiego, ma w swych zbiorach wydobyte z wraków przedmioty, np. brązowe działa i kule armatnie z zatopionego w 1627 r. w bitwie pod Oliwą szwedzkiego okrętu "Solen". Gromadzone są też dzieła sztuki o tematyce marynistycznej, wśród których znajdują się prace znanych malarzy polskich (m.in. obrazy Leona Wyczółkowskiego, Juliana Fałata i Zofii Stryjeńskiej).