Muzeum w Brodnicy w 2003 roku obchodziło jubileusz 30 lecia. Siedzibą Muzeum są piwnice zamku krzyżackiego, gdzie mieszczą się wystawy stałe, spichlerz, w którym znajdują się pomieszczenia administracyjne, magazyny techniczne, biblioteka muzealna oraz wystawa stała będąca wynikiem odkryć naukowych podczas badań archeologicznych prowadzonych od 1987 roku we wsi Mszano oraz Brama Chełmińska z przyległą kamieniczką – gdzie mieści się muzealna galeria „Brama”. Obecnie w muzeum prezentowane są trzy wystawy stałe, dwie w piwnicach zamkowych: Region brodnicki w średniowieczu – od plemiennego grodu do warownego miasta – wystawa ukazująca dzieje miasta i regionu po schyłek średniowiecza. Prezentowane są zabytki o unikalnej wartości historycznej, jak na przykład dwa średniowieczne miecze wydobyte z Drwęcy. Druga wystawa, to Rzeźby i detale architektoniczne z kaplicy zamkowej w Brodnicy prezentująca odkryte w czasie prac konserwatorskich relikty wyposażenia rzeźbiarskiego zamkowego oratorium – jednego z najwspanialszych i największych na terenie konwentualnych zamków w Prusach. Zgromadzono w niej 79 fragmentów rzeźb i detali.
Na zamku odwiedzający goście mogą oglądać również relikty pieców centralnego ogrzewania typu „hypocaustum”, zajrzeć i wrzucić na szczęście grosik do zamkowej studni, a najwytrwalsi mogą, pokonując 252 schody, podziwiać z wysokości ponad 50 metrów wspaniałą panoramę miasta i okolic.
Wielkim powodzeniem cieszy się wystawa w spichlerzu: Życie codzienne mezolitycznych myśliwych z Mszana sprzed 10 000 lat (na ekspozycji zrekonstruowano w skali 1:1 obozowisko mezolitycznych myśliwych). Podczas zwiedzania zabytki można dotykać i wykonywać nimi prace, do których były pierwotnie przeznaczone.
W Bramie Chełmińskiej oraz kamieniczce przy ul. Mały Rynek 4 mieszczą się sale wystawowe, gdzie organizowane są wystawy czasowe obrazujące różne aspekty historii miasta i Ziemi Michałowskiej oraz sztukę współczesną.
Muzeum prowadzi działalność naukowo-badawczą oraz oświatową. Współdziała z Towarzystwem Przyjaciół Muzeum.
Wspólnie organizują w czerwcu Festyn Historyczno-Archeologiczny „Medievalia”. Podczas festynu można przyjrzeć się dawnym rzemiosłom, garncarstwu, płatnerstwu, wyrabiania ozdób ze skóry, itp. Można również skosztować podpłomyków, uczestniczyć w średniowiecznych grach i zabawach. Przy granej na żywo muzyce dawnych epok można poznać średniowieczne tańce. Odbywają się również występy teatralne oraz plenerowe seanse filmowe.