Siedzibą muzeum jest budynek wzniesiony dla niego w latach 1913-1922 w stylu zakopiańskim, według projektu Stanisława Witkiewicza i Franciszka Mączyńskiego.

Muzeum Tatrzańskie należy do najstarszych muzeów regionalnych w Polsce. Założone zostało jako muzeum przyrodnicze przez Towarzystwo Muzeum Tatrzańskiego w 1888 r. dla uczczenia dra Tytusa Chałubińskiego (1820-1889), lekarza, botanika, wielkiego społecznika rozmiłowanego w Tatrach, propagatora Zakopanego, odkrywcy piękna i oryginalności kultury górali. Inicjatorem stworzenia muzeum był warszawski przemysłowiec, chemik i z zamiłowania przyrodnik Adolf Scholtze.

Muzeum gromadzi zbiory w następujących działach kolekcjonerskich: Dział Przyrodniczy - flora i fauna Tatr, dzieje geologiczne oraz świat tatrzańskich jaskiń, w tym najbardziej cenne: licząca ponad 2 700 okazów kolekcja mchów T. Chałubińskiego, 9 albumów obejmujących 900 gatunków roślin naczyniowych, cenna i rzadka jest, licząca blisko 140 gatunków kolekcja porostów, a także liczne zielniki; zbiory zoologiczne liczące ok. 58 1000 okazów obejmują swym zasięgiem Tatry, Skalne Podhale, Kotlinę Orawsko-Nowotarską oraz Pieniny, m.in. cenne: kolekcja ornitologiczna, zbiór motyli większych z Tatr i Podtatrza oraz zbiór ważek tatrzańskich; zbiory geologiczne obejmują 2 081 okazów typowych skał, minerałów i skamieniałości z całego obszaru Tatr i Podtatrza; ciekawostką jest piękny zbiór (96 pozycji) skamieniałości fauny morskiej m.in. amonitów, jeżowców, małż i ślimaków.

Dział Etnograficzny - wytwory kultury materialnej, rzemiosła artystycznego, sztuki ludowej z regionu Podhala, Spisza i Orawy, w tym charakterystyczny dla tych regionów sprzęt pasterski i domowy, kolekcja ubiorów, m.in. bezcenne stroje kobiece z okolic Czorsztyna, malarstwo na szkle, zdobione wyroby metalowe i skórzane oraz hafty, cenna kolekcja instrumentów ludowych oraz spinek metalowych. Dział Sztuki - obrazy, grafiki i rysunki o tematyce tatrzańskiej, która pojawiła się w sztuce polskiej zaczynając od pierwszej połowy XIX w.; duża kolekcja to zbiór portretu, na który składają się wykonane w różnych technikach dzieła przedstawiające znanych w Zakopanem artystów, polityków, sportowców a także typy górali, w tym portrety patrona muzeum dra T. Chałubińskiego wykonane przez różnych artystów m.in. pędzla Stanisława Witkiewicza, a także pastele wykonane przez Stanisława Ignacego Witkiewicza (Witkacego) w jego słynnej "Firmie Portretowej"; cenną jest kolekcja 50 karykatur wykonanych przez Kazimierza Sichulskiego, jednego z najgłośniejszych polskich karykaturzystów portretujących swoich współczesnych, a także interesujący zbiór rzeźby artystów zakopiańskich.

Sztukę współczesną reprezentują kolekcje autorskie m.in. dzieł Władysława Hasiora. Odrębne miejsce zajmują eksponaty związane z dziejami taternictwa i narciarstwa oraz Tatrzańskiego Pogotowia Ratunkowego - historyczny sprzęt sportowy, odznaki klubów, odznaczenia sportowe, medale oraz pamiątki po wybitnych zawodnikach.