Muzeum mieści się w budynku z 1870 r. będącym niegdyś własnością Chaima Bałamuta, w którym rodzina Wojtyłów mieszkała w latach 1919-1938 zajmując dwa pokoje z kuchnią. Otwarte zostało w 1984 r., w 64. rocznicę urodzin Papieża, z inicjatywy abpa Franciszka Macharskiego oraz ks. Infułata dra Edwarda Zachera - długoletniego katechety Karola Wojtyły.

Dom, choć prawie całkowicie pozbawiony pierwotnego wyposażenia, ma przypominać osobę Ojca Świętego w miejscu, w którym przyszedł na świat 18 maja 1920 r. i gdzie stawiał pierwsze kroki oraz drogę, która zawiodła Go z domu w Wadowicach na Stolicę Piotrową w Rzymie. W pokoju, w którym Karol Wojtyła się urodził, a także w przylegającej doń kuchni zgromadzono wszystko, co pozostało z oryginalnego wyposażenia mieszkania rodziny Wojtyłów oraz przedmioty, których używał jako kapłan i biskup, m.in. sprzęt stosowany przez Karola Wojtyłę w czasie Jego wypraw w góry i na Mazury, dokumenty dotyczące ważnych etapów Jego życia, dzieła Ojca Świętego, liczne fotografie przypominające niektóre momenty z wczesnego okresu dzieciństwa, z lat młodzieńczych, z czasu okupacji oraz pracy duszpasterskiej, kapłańskiej i biskupiej. Można też zobaczyć niektóre z licznych wydawnictw, jakie ukazały się w różnych krajach w związku z wybraniem Arcybiskupa Krakowskiego na Papieża, zamachem na życie Jana Pawła II i Jego podróżami duszpasterskimi. W podpisach fotografii wykorzystano niektóre autobiograficzne wypowiedzi Ojca Świętego oraz refleksyjne teksty literackie Karola Wojtyły. Opiekę nad Domem Rodzinnym Jana Pawła II sprawują Siostry Nazaretanki, z którymi od lat chłopięcych Ojciec Święty jest związany.