Najstarsze muzeum diecezjalne w Polsce, założone w 1888 r. przez rektora Seminarium Duchownego ks. inf. dra Józefa Bąbę. Do 1931 r. mieściło się w gmachu seminaryjnym, w okresie międzywojennym w ratuszu miejskim, od 1950 r. siedzibą muzeum są cztery zabytkowe kamieniczki w sąsiedztwie katedry: Scholasteria z XVI/XVII w., Akademiola z poł. XVI w., (dawna szkoła kolegiacka), Dom Mikołajowski z 1524 r. oraz Dom Mansjonariuszy z pocz. XVII wieku.

Zbiory: zabytki sztuki cechowej - gotycka rzeźba i malarstwo z terenu Małopolski reprezentujące tzw. szkołę krakowsko-sądecką, m.in. Opłakiwanie Chrystusa z Chomranic , z Czarnego Potoka z ok. 1450 r., czy Opłakiwanie Chrystusa tryptyk ze Starego Sącza ok. 1470-1500; kolekcja gotyckich rzeźb Madonn z Dzieciątkiem, m.in. z Ujanowic z XV/XVI w.; tkaniny kościelne - ornaty, kapy itp. od czasów średniowiecza aż po wiek XIX; galeria ludowego malarstwa na szkle oraz ceramika ludowa z Pokucia - dar z 1957 r. tarnowskiego kolekcjonera pochodzenia węgierskiego, Norberta Lippóczego; kolekcja dzieł sztuki z ok. 1900 r. podarowana muzeum w 1988 r. z okazji jubileuszu 100-lecia przez tarnowską kolekcjonerkę Olgę Majewską - obrazy m.in. Jacka Malczewskiego, Vlastimila Hofmana, Kazimierza Sichulskiego, Wojciecha Weissa, a także zbiór porcelany i zegarów.