Muzeum Przyrodnicze zostało powołane do życia (jako Muzeum Fizjograficzne) w 1865 r. jednocześnie z Instytutem (podówczas Komisja Fizjograficzna Krakowskiego Towarzystwa Naukowego). W 1992 r.
"Oceanarium"
Zapraszamy do największego w Polsce OCEANARIUM. Wspólnie z jego głównym organizatorem - Firmą "La Femme", umożliwiamy spotkanie z tysiącem bajecznie kolorowych ryb i innych zwierząt mórz tropikalnych całego świata, a zwłaszcza gatunków żyjących w Oceanie Spokojnym, Oceanie Indyjskim, Morzu Czerwonym oraz mieszkańców Wielkiej Rafy Barierowej. W akwariach słodkowodnych prezentowane są ponadto ryby z afrykańskich jezior Tanganiki i Malawi.
"Mięczaki"
Wystawa pokazuje różnorodność jednego z najliczniejszych typów zwierząt jakim są mięczaki, ich podział systematyczny oraz historię. Można tu zobaczyć przedstawicieli 6 gromad mięczaków reprezentujących niemal wszystkie morza i oceany świata, a mianowicie chitony, jednotarczowce, głowonogi (m.in. pokazanego obok żeglarka Argonauta argo), walconogi, małże i ślimaki. W naszym muzeum mamy także największego na świecie małża - przydacznię olbrzymią (Tridacna gigas), której muszla może osiągać do 1,5 m długości i ważyć ponad 250 kg (!) oraz największego ślimaka (Syrinx aruanus). Sporo uwagi poświęcono również ślimakom żyjącym na lądzie. Wydzieloną część ekspozycji stanowią ślimaki i małże Polski, przedstawione na tle środowisk, w których żyją. Pokazano tu m.in. wymierającego w całej Europie małża - perłoródkę rzeczną (Margaritifera margaritifera), która znajduje się w "Polskiej czerwonej księdze zwierząt".
"Rozmowa z kamieniem"
Stała ekspozycja minerałów i skamieniałości z kolekcji Zbyluta Grzywacza, ofiarowanej przez Artystę w całości Muzeum Przyrodniczemu ISEZ PAN w Krakowie. Wystawa dedykowana jest poezji Wisławy Szymborskiej i jako taka, niezależnie od swej dużej wartości naukowej, stanowi kompozycję trzech tysięcy okazów przemawiającą filozofią życia człowieka i kolekcjonera. Na zdjęciu (fot. Stefan Zbadyński) róża kalcytowa z Dalniegorska (Tietiucha, Rosja) oraz karboński koral kolonijny Chaetetes radians z okolic Moskwy. Zbylut Grzywacz zmarł 16 lipca 2004, pozostawiając w naszym Muzeum cząstkę swojego szlachetnego życia.
"Bursztyn w nauce i kolekcjonerstwie."
"Fauna Plejstocenu Polski"
Wystawa "Fauna Plejstocenu Polski" pokazuje kości mamutów oraz najcenniejszy (jedyny zachowany w całości) okaz nosorożca włochatego - wymarłego gatunku epoki lodowej. Został on odnaleziony w Staruni w 1929 r.