Pierwszą siedzibą krakowskiego Muzeum Archeologicznego - gdy było ono jeszcze związane z Towarzystwem Naukowym Krakowskim - były pomieszczenia Biblioteki Jagiellońskiej przy ul. św. Anny 8. Pierwsza wystawa zbiorów muzealnych, jaką zorganizowano w 1858 roku pod nazwą Wystawa Starożytności, odbyła się natomiast w pałacu Lubomirskich przy ul. św. Jana 17. W roku 1864 Muzeum przeniesiono do nowo wybudowanego gmachu przy ul. Sławkowskiej 17 i w budynku tym, będącym siedzibą Akademii Umiejętności, pozostawało ono przez ponad 100 lat, do roku 1967, kiedy to główną siedzibą Muzeum stał się zabytkowy kompleks budynków poklasztornych i powięziennych św. Michała przy ul. Senackiej 3.
Dzień dzisiejszy
Siedziba główna - zespół gmachów św. Michała

Zespół gmachów św. Michała posiada odległą i ciekawą przeszłość, udokumentowaną zarówno przez badania archeologiczne, jak i źródła pisane. Teren, na którym znajduje się obecnie Muzeum, zlokalizowany był na zachodnim obrzeżu średniowiecznego miasta. W okresie od IX do XIII w. przez ten rejon przebiegały drewniano-ziemne umocnienia podgrodzia Okół, natomiast od XIV w. mur obronny miasta. Relikty tych umocnień zachowały się w podziemiach Muzeum i w północno-wschodniej części ogrodu. W północno-zachodnim narożniku zabudowań i pod murem ogrodzenia od strony ul. Poselskiej widoczne są do dziś relikty baszty Legackiej, zwanej też basztą Murarzy.

W ostatnich latach XIV wieku omawiany teren był własnością rodów feudalnych. Tutaj znajdowały się: dwór Gniewosza z Dalewic, siedziba rodu Tęczyńskich zwana Malowanym Dworem oraz XIV-wieczna łaźnia miejska. Dwór Gniewosza został zakupiony w 1424 roku przez opata tynieckiego; znajdowało się w nim później tzw. hospicjum tynieckie. W 1612 roku posiadłość została odkupiona przez Mikołaja Zebrzydowskiego, który ofiarował ją zakonowi karmelitów reformowanych, czyli bosych. Z kolei dwór Tęczyńskich był w posiadaniu rodziny do połowy XVI wieku. Potem prawdopodobnie służył jako zbór kalwiński, a następnie był dzierżawiony przez Łukasza Trzaskowskiego. W 1610 roku przeszedł na własność karmelitów bosych jako dar kasztelana wiślickiego Andrzeja Tęczyńskiego (ciekawostką jest, że w łacińskim dokumencie darowizny nazwa Malowany Dwór podana jest w brzmieniu polskim). Na początku XVII wieku karmelici otrzymali również łaźnię miejską, sąsiadującą z ogrodami klasztoru franciszkańskiego. W XVII wieku wszystkie powyższe budowle zostały poddane przez karmelitów gruntownej przebudowie na potrzeby klasztoru. Wtedy też w części zabudowań wzniesiono kościół pod wezwaniem św. Michała i św. Józefa, konsekrowany w 1635 roku.
Dawny gmach klasztoru Karmelitów
Dawny gmach klasztoru Karmelitów

Po rozbiorach klasztor i kościół skonfiskowano w 1797 roku na rzecz państwa austriackiego adaptując budynki klasztorne na więzienie. Układ przestrzenny istniejących dziś budynków został uformowany w drugiej połowie XIX wieku. W 1872 roku zburzono przylegający do więzienia kościół św. Michała i św. Józefa, a na jego miejscu wybudowano gmach sądu karnego. Po roku 1874 połączono budynki więzienne z gmachem sądu, zaś na potrzeby więzienia wykonano kaplicę w północno-zachodniej części zabudowań - od. strony ul. Poselskiej. Od strony ul. Senackiej wzniesiono dzisiejszą bramę wjazdową i budynek dla potrzeb gospodarczych więzienia (kuchnia, pralnia, magazyn). Zespół gmachów św. Michała (nazwa pochodzi od wezwania zburzonego kościoła) służył jako więzienie przez ponad półtora wieku - aż do roku 1950. Przebywali w nim zarówno przestępcy kryminalni, jak i więźniowie polityczni. Listę tych ostatnich otwierają organizatorzy i uczestnicy rewolucji krakowskiej w 1846 r. i Wiosny Ludów. Więźniowie polityczni przybywali do św. Michała falami odzwierciedlającymi historię zrywów wolnościowych i walk o sprawiedliwość społeczną. I tak, kolejną falę więźniów politycznych stanowią uczestnicy Powstania Styczniowego (1863 r.). Wtedy to w jednej celi z góralem z Chochołowa przebywał Michał Bałucki. Nie wszyscy wiedzą, że efektem ich wspólnych przeżyć był wiersz Bałuckiego, znany dziś "przebój" - Góralu, czy ci nie żal?... Pod koniec XIX w. bramy więzienia zamykają się za pierwszymi działaczami socjalistycznymi (m.in. Ludwik Waryński i jego towarzysze - tutaj właśnie w roku 1880 odbył się proces partii "Proletariat" i jej przywódców). Do więzienia trafiają wówczas również organizatorzy i uczestnicy strajków i manifestacji robotniczych, a także działacze niepodległościowi. W okresie międzywojennym więzienie św. Michała funkcjonowało jako zakład śledczy. W czasie okupacji niemieckiej przetrzymywano w nim aresztowanych za przestępstwa kryminalne i osoby schwytane podczas łapanek.

Od 1945 roku więzienie św. Michała służyło władzy ludowej do izolowania "wrogów demokratycznego ustroju państwa polskiego". Przebywali tutaj (w trakcie śledztwa lub już z wyrokami) żołnierze Armii Krajowej i innych formacji wojskowych, a także działacze organizacji politycznych oraz zwykli więźniowie kryminalni. W salach sądu przy ul. Senackiej odbywały się również procesy polityczne i wówczas oskarżonych przetrzymywano "u św. Michała". Miało to miejsce w związku z głośnym procesem II Zarządu WiN i PSL w 1947 r. (proces Niepokólczyckiego i Mierzwy) oraz ks. Gurgacza w 1949 roku. Ciekawym wydarzeniem w powojennej historii więzienia św. Michała (upamiętnionym specjalną tablicą wmurowaną w mur ogrodu muzealnego od strony ul. Poselskiej) było zorganizowanie w dniu 18 sierpnia 1946 roku przez grupy zbrojne ruchu oporu AK oraz Józefa Kurasia "Ognia" akcji opanowania więzienia i w jej rezultacie uwolnienie kilkudziesięciu najbardziej zagrożonych więźniów - żołnierzy AK, WiN i NSZ.

W roku 1954 władze miasta Krakowa przekazały Zakładowi Historii Kultury Materialnej PAN kompleks budynków powięziennych z przeznaczeniem na potrzeby Muzeum Archeologicznego. Stanowiło to uwieńczenie wieloletnich starań ówczesnego Dyrektora Muzeum, a zarazem kierownika Zakładu HKM PAN, doc. Tadeusza Reymana. W latach 1956-1967, za dyrektury Stefana Noska, a następnie Kazimierza Radwańskiego, przeprowadzono remont kapitalny, zachowując wszakże zabytkowy charakter budowli. Pomieszczenia więzienne zaadaptowano - na ile to było możliwe - na pracownie, bibliotekę, magazyny i sale wystawowe.

Ogrody muzealne

Wielką atrakcją obecnej siedziby Muzeum, zwłaszcza w okresie wiosennym, letnim i jesiennym, jest znajdujący się za wysokim murem od strony ul. Poselskiej i Plant muzealny ogród. Nie wszyscy krakowianie wiedzą jeszcze o jego istnieniu, dostępny jest on bowiem tylko w godzinach otwarcia wystaw w Muzeum (chociaż można w kasie nabyć też bilet uprawniający wyłącznie do wejścia do ogrodu). Stąd właśnie można obejrzeć najpiękniejszy chyba w Krakowie widok na Wawel.

Ogród Muzeum Archeologicznego w Krakowie jest jednym z większych i najpiękniejszych ogrodów w centrum miasta. Stanowi on część kompleksu zabytkowego określanego często mianem św. Michała, a będącego od roku 1967 siedzibą Muzeum Archeologicznego. Na przełomie 1968 i 1969 roku ogród został oddany do użytku po gruntownej renowacji.

Do pierwszych prac rekonstrukcyjnych dawnego renesansowego ogrodu przyklasztornego przystąpiono w roku 1961. Przy pracach studyjnych wykorzystano dawne plany Krakowa, m.in. tzw. Kołłątajowski z roku 1785, Mosano i Chavana z 1796 roku oraz tzw. Senacki S. Enderle z lat 1802-1808. Projekt nowego przestrzennego zagospodarowania ogrodu, a więc rozplanowanie alejek, klombów, dobór odpowiedniej roślinności oraz wykonanie tzw. małej architektury, były udziałem zespołu pracowników Politechniki Krakowskiej pod kierownictwem prof. G. Ciołka (potem dr hab. S. Żychonia). W skład tego zespołu wchodzili E. Kułakowska-Bojęś, A. Böhm, H. Schoen. Projekt został zrealizowany przez krakowskie Pracownie Konserwacji Zabytków.

Od szeregu lat ogrody muzealne są miejscem spotkań krakowskiego środowiska ludzi kultury i nauki. Odbywają się tu koncerty muzyki poważnej i rozrywkowej, dwukrotnie gościliśmy finał Festiwalu Piosenki Studenckiej, mają tu też miejsce rozmaite imprezy organizowane przez różne krakowskie instytucje.

W roku 1989 ówczesna Minister Kultury i Sztuki, Izabella Cywińska, przyznała Muzeum Archeologicznemu w Krakowie dyplom "za zasługi w ochronie i pielęgnacji zabytkowych założeń ogrodowych".

Muzeum Archeologiczne w Krakowie jest najstarszą archeologiczną placówką w Polsce. Powołano je, jako Muzeum Starożytności, w lutym 1850 r. Przez blisko ćwierć wieku istniało w ramach Towarzystwa Naukowego Krakowskiego działającego przy Uniwersytecie Jagiellońskim. Od 1872 r. związane było z Akademią Umiejętności. W 1955 r. przeszło pod zarząd administracji państwowej. W latach 1958 -1990 podlegało Radzie Narodowej m. Krakowa, od 1991 wojewodzie krakowskiemu, a od 1999 r. przeszło pod opiekę Urzędu Marszałkowskiego woj. krakowskiego.

Zgodnie z intencją Towarzystwa Naukowego Krakowskiego Muzeum funkcjonowało jako "skarbnica pamiątek narodowych". Obok zabytków archeologicznych gromadzono w nim wszelkie pamiątki odnoszące się do dziejów narodu i państwa polskiego (militaria, numizmaty, mapy, dzieła sztuki) oraz różnego rodzaju dokumenty i pamiątki rodzinne. W 1893 roku większość zbiorów historycznych przekazano do Muzeum Narodowego. W zbiorach pozostały tylko zabytki archeologiczne.

Obecnie w magazynach i na wystawach (łącznie z Oddziałem w Nowej Hucie) znajduje się ponad 500 tys. zabytków o walorach ekspozycyjnych. Liczącą się grupę stanowią zabytki ofiarowane do Muzeum przez odkrywców, kolekcjonerów i zbieraczy. Jednak podstawą zbiorów są materiały pozyskane drogą badań archeologicznych. Pochodzą one z terenów wschodnich dawnej Rzeczypospolitej (Ukraina, Litwa, Białoruś) oraz przede wszystkim z terenu Małopolski, która stanowi główny obszar zainteresowań Muzeum. Najcenniejszymi obiektami muzealnymi są:

* wyroby z kości i ciosów mamuta odkryte w Jaskini Mamutowej (datowane na 20 tys. lat p.n.e.) oraz zdobione ostrza z rogu renifera pochodzące z Jaskini Maszyckiej (datowane na ok. 15 tys. lat temu). Znaleziska z jaskini Maszyckiej są pierwszymi i jak dotąd jedynymi "dziełami sztuki" paleolitycznej w Polsce;
* kolekcja glinianych figurek kultowych i malowanych naczyń z Bilcza Złotego na Ukrainie z okresu neolitu
* wyposażenie grobu "księżniczki scytyjskiej" (ozdoby ze złota i srebra) z kurhanu w Ryżanówce na Ukrainie (ok. III w. p.n.e.)
* zespół zabytków z grobu wojownika huńskiego (żelazny miecz, okucia łuku refleksyjnego oraz ozdoby ze srebra i złota) z Jakuszowic koło Kazimierzy Wielkiej (ok. V w. - okres wędrówek ludów);
* kamienny posąg Światowida (IX w.) znaleziony w roku 1848 w rzece Zbrucz na Ukrainie;
* skarb monet (m.in. Mieszka I i Bolesława Chrobrego) oraz ozdób srebrnych z Pleszowa w Nowej Hucie (XI w.);
* kolekcja zabytków staroperuwiańskich kultur Mochica i Chimu, zebrana w Peru przez Wł. Klugera, a dostarczona do Muzeum w latach 1876 i 1878 (fot.3);
* sarkofagi egipskie z mumiami (IV w. p.n.e.) z badań Tadeusza Smoleńskiego w Egipcie, przekazane w 1908 r.;
* kolekcja zabytków archeologicznych i numizmatycznych z tzw. Muzeum Polowego Wojska Polskiego, gromadzonych w czasie II wojny światowej przez żołnierzy Armii Polskiej na Bliskim Wschodzie, przekazane do Muzeum w 1947 r. (fot.4);
* unikalny skarb 4212 żelaznych grzywien siekieropodobnych (IX w.), odkryty w 1979 roku przy ul. Kanoniczej w Krakowie.

Ponadto w Muzeum znajdują się materiały o wyjątkowym znaczeniu dla pradziejów Polski, m.in. z terenu pracowni garncarskich w Nowej Hucie i Igołomi; ze stanowisk archeologicznych odkrytych w czasie budowy kombinatu metalurgicznego Huty im. Lenina; ze stanowisk hutniczych z tzw. okresu rzymskiego na terenie Gór Świętokrzyskich oraz materiały odnoszące się do dziejów Krakowa w okresie przedlokacyjnym i po lokacji miasta.

Pierwszą siedzibą Muzeum Archeologicznego była Biblioteka Jagiellońska przy ul. św. Anny 8, natomiast pierwszą wystawę zbiorów zorganizowano w 1858 roku w pałacu Lubomirskich przy ul. św. Jana 17. W roku 1864 Muzeum Starożytności przeniesiono do nowo wybudowanego gmachu przy ul. Sławkowskiej 17. W budynku tym (później od strony ul. św. Jana 22) pozostało przez ponad 100 lat. Od 1967 roku główną siedzibą Muzeum jest zabytkowy kompleks budynków powięziennych św. Michała przy ul. Senackiej 3.

Zespół gmachów św. Michała posiada odległą i ciekawą przeszłość, udokumentowaną zarówno przez badania archeologiczne, jak i źródła pisane. Teren, na którym znajduje się obecnie Muzeum, zlokalizowany był na zachodnim obrzeżu średniowiecznego miasta. W okresie od IX do XIII w. przez ten rejon przebiegały drewniano-ziemne umocnienia podegrodzia Okół, natomiast od XIV w. kamienny mur obronny miasta. Relikty tych umocnień zachowały się w podziemiach Muzeum i w północno-wschodniej części ogrodu. W północno-zachodnim narożniku zabudowań i pod murem ogrodzenia od strony ul. Poselskiej widoczne są do dziś relikty baszty Legackiej, zwanej też basztą Murarzy. W ostatnich latach XIV wieku omawiany teren był własnością rodów feudalnych. Tutaj znajdowały się: dwór Gniewosza z Dalewic, siedziba rodu Tęczyńskich zwana Malowanym Dworem oraz XIV-wieczna łaźnia miejska. Dwór Gniewosza został zakupiony w 1424 roku przez opata tynieckiego. Znajdowało się tu później tzw. hospicjum tynieckie. W 1612 r. Mikołaj Zebrzydowski odkupił posiadłość i ofiarował ją zakonowi karmelitów reformowanych czyli bosych. Dwór Tęczyńskich był w posiadaniu rodziny do poł. XVI wieku. Potem prawdopodobnie służył jako zbór kalwiński, a następnie był dzierżawiony przez Łukasza Trzaskowskiego. W 1610 roku przeszedł na własność karmelitów bosych jako dar kasztelana wiślickiego Andrzeja Tęczyńskiego. W łacińskim dokumencie darowizny nazwa Malowany Dwór podana jest w brzmieniu polskim. Na początku XVII wieku karmelici otrzymali również łaźnię miejską, sąsiadującą z ogrodami klasztoru franciszkańskiego. W XVII w. powyższe budowle zostały poddane gruntownej przebudowie na potrzeby klasztoru. Wtedy też w części zabudowań wzniesiono kościół pod wezwaniem św. Michała i św. Józefa, konsekrowany w 1635 roku. Po rozbiorach klasztor i kościół skonfiskowano w 1797 r. na rzecz państwa austriackiego. Budynki klasztorne adaptowano na więzienie. Układ przestrzenny istniejących budynków został uformowany w drugiej poł. XIX w. W 1872 r. zburzono kościół św. Michała i św. Józefa przylegający do więzienia, a na jego miejscu wybudowano gmach sądu karnego. Po 1874 r. połączono budynki więzienne z gmachem sądu, zaś na potrzeby więzienia wykonano kaplicę w północno-zachodniej części zabudowań - od ul. Poselskiej. Od strony ul. Senackiej wzniesiono dzisiejszą bramę wjazdową i budynek dla potrzeb gospodarczych więzienia (kuchnia, pralnia, magazyn). Zespół gmachów św. Michała (nazwa została od wezwania zburzonego kościoła) służył jako więzienie przez ponad półtora wieku - aż do 1950 roku. Przebywali w nim zarówno przestępcy kryminalni, jak i więźniowie polityczni. Listę tych ostatnich otwierają organizatorzy i uczestnicy rewolucji krakowskiej w 1846 r. i Wiosny Ludów. Więźniowie polityczni przybywali do "św. Michała" falami odzwierciedlającymi historię zrywów wolnościowych i walk o sprawiedliwość społeczną. Kolejną falę więźniów politycznych stanowią uczestnicy powstania styczniowego (1863 r.). Wtedy to w jednej celi z góralem z Chochołowa przebywał Michał Bałucki. Efektem ich wspólnych przeżyć był wiersz Bałuckiego, znany dziś "przebój"- Góralu, czy ci nie żal... Pod koniec XIX w. bramy więzienia zamykają się za pierwszymi działaczami socjalistycznymi (m.in. Ludwik Waryński i jego towarzysze), organizatorami i uczestnikami strajków i manifestacji robotniczych, a także działaczami niepodległościowymi. W okresie międzywojennym więzienie św. Michała funkcjonowało jako zakład śledczy. W czasie okupacji niemieckiej przetrzymywano w nim aresztowanych za przestępstwa kryminalne i osoby schwytane w czasie łapanek.

Od 1945 r. więzienie św. Michała służyło władzy ludowej do izolowania "wrogów demokratycznego ustroju państwa polskiego". Przebywali tutaj (w trakcie śledztwa lub już z wyrokami) żołnierze Armii Krajowej i innych formacji wojskowych, a także działacze organizacji politycznych oraz więźniowie kryminalni. W salach sądu przy ul. Senackiej odbywały się również procesy polityczne i wówczas oskarżonych przetrzymywano w "św. Michale". Miało to miejsce w związku z głośnym procesem II Zarządu WiN i PSL w 1947 r. (proces Niepokólczyckiego i Mierzwy) oraz księdza Gurgacza w 1949 roku.
Ciekawym wydarzeniem w powojennej historii więzienia św. Michała było zorganizowanie w dniu 18 sierpnia 1946 r. rozbicia więzienia od wewnątrz i uwolnienia z niego najbardziej zagrożonych więźniów.
W 1954 r. władze miasta Krakowa przekazały kompleks powięziennych budynków na potrzeby Muzeum Archeologicznego. W latach 1958-1967, zachowując zabytkowy charakter budynków, przeprowadzono remont kapitalny. Pomieszczenia więzienne zaadaptowano na pracownie, bibliotekę, magazyny i sale wystawowe.
Muzeum Archeologiczne w Krakowie jest instytucją naukowo-badawczą i oświatową. Gromadzi, opracowuje, przechowuje i konserwuje zabytki archeologiczne oraz upowszechnia wiedzę o dziejach i kulturze najstarszych społeczeństw. Prowadzi badania wykopaliskowe i prace ratowniczo-konserwatorskie. Działalność merytoryczną prowadzą działy naukowe i pracownie specjalistyczne. Działalność oświatowa Muzeum prowadzona jest poprzez popularyzację wiedzy archeologicznej za pośrednictwem wystaw stałych i czasowych oraz poprzez odczyty, pogadanki, prelekcje i lekcje dla szkół.