Zostało utworzone przez Oddział Kujawski Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego jako Muzeum Kujawskie w 1909 roku, reaktywowane po wojnie w 1946, pierwszą wystawę sztuki ludowej Kujaw urządziło w 1949 roku.
Zbiory muzeum podzielone są na następujące działy: Gmach główny (j.w.), ul. Słowackiego 1a - mieści się w budynku zbudowanym w latach 1927-1930 przez Stefana Narębskiego z przeznaczeniem na muzeum. Gromadzi dwie podstawowe kolekcje fajansu zabytkowego i fajansu współczesnego.
Fajans zabytkowy to eksponaty czterech włocławskich fabryk: Teichwelda i Asterbluma, Włocławskiej Fabryki Fajansu L. Czamańskiego, Fabryki Fajansu "Keramos" oraz Polskiej Fabryki Fajansu "Bracia Cohn i s-ka" działających w latach 1873-1945 - różnorodne wyroby tych fabryk, m.in. talerze, misy, serwisy obiadowe, śniadaniowe i deserowe, komplety umywalniane i in. ilustrują wszystkie dawne techniki zdobnictwa fajansu - stalodruk, kalkomanię, szablon, ręczne malowanie i ornament plastyczny.
Kolekcja fajansu współczesnego - fajans włocławski o dekoracji autorskiej pochodzący z konkursów odbywających się od 1948 do 1991, a także fajans z fabryki w Kole - m.in. misy, patery, wazony, serwisy, lustra, żyrandole oraz drobna galanteria. W 1992 muzeum przejęło ze zlikwidowanej fabryki fajansu wzorcownię jej wyrobów.