Założone w 1906 r. Muzeum jest obecnie jedną z bogatszych, wielodziałowych placówek w Polsce. W siedzibie głównej gromadzi i eksponuje zabytki z zakresu archeologii, etnografii, militariów, numizmatyki i sztuki.
W zbiorach archeologicznych, które obejmują wszystkie epoki, są zabytki unikatowe, np. skarb egipskich paciorków fajansowych (1000 sztuk) sprzed blisko 3700 lat oraz skarb bursztynowy zawierający wyroby i bryły bursztynu z Bassonii.
Ekspozycja etnograficzna zawiera ciekawą "Galerię rzeźby i malarstwa ludowego", w której znalazły się ludowe obrazy i rzeźby sakralne z XIX w. (m.in. duży zbiór wizerunków Chrystysa Frasobliwego) oraz ikony z nieistniejącej już cerkwi unickiej. Godne uwagi są też oryginalne gorsety tarnogrodzkie z XVII-XIX w.
Stała wystawa militariów obejmuje zaczepne i ochronne uzbrojenie europejskie oraz orientalne z XIV-XX w. Uzupełnieniem tej wystawy jest "Galeria polskiego malarstwa historycznego i batalistycznego".
Numizmaty, stanowiące najliczniejszy zbiór Muzeum, zostały zaprezentowane na wystawie "Monety i medale na ziemiach polskich X-XX w."
W zbiorach sztuki znajduje się mlarstwo polskie XVII-XX w. (m.in. znany portret Stanisława Augusta w stroju koronacyjnym pędzla Bacciarellego, XIX-wieczne pejzaże Józefa Chełmońskiego, płótna historyczne Jana Matejki, obrazy najwybitniejszych malarzy Młodej Polski), malarstwo obce XVII-XIX w. (głównie europejskie z epoki baroku, w tym wybitne dzieło Hendricka ter Brugghena Piłat umywający ręce z 1617 r.), rzemiosło artystyczne (z cenną kolekcją sreber lubelskich z XVII i XVIII w., pasów kontuszowych z XVIII w. oraz porcelany polskiej i zachodnioeuropejskiej), a także ryciny, głównie artystów polskich z XVIII-XX w. Dzieła te eksponowane są w "Galerii malarstwa polskiego XVII-XIX w.", "Galerii malarstwa obcego XVII-XIX w." oraz na wystawie "Sztuka zdobnicza polska i obca XIV-XX w."
Zabytkiem, który budzi zainteresowanie całego świata jest odrestaurowany Kościół św. Trójcy - dawna kaplica w zamku królewskim, obecnej siedzibie Muzeum. Wnętrze tej gotyckiej, rzymskokatolickiej świątyni z XIV w. pokrywają wspaniałe XV-wieczne malowidła bizantyńsko-ruskie ze scenami pasyjnymi oraz ze Starego i Nowego Testamentu. Malarze uwiecznili także dwukrotnie postać fundatora - króla Władysława Jagiełły. Malowidła zostały odkryte przypadkiem w 1899 r. pod tynkiem, którym pokryto wnętrze kaplicy, a ich odsłanianie i konserwacja trwały z przerwami od 1903 do 1997 r. W Muzeum prezentowana jest wystawa "Wprowadzenie do historii konserwacji Kościoła św. Trójcy".
Zbiory dokumentujące dzieje miasta, są gromadzone i udostępnione na wystawach stałych w oddziałach Muzeum Lubelskiego: Muzeum Historii Miasta Lublina, pl. Łokietka 3, tel. (0-81) 532-60-01; Muzeum Historii Ratusza i Trybunału Koronnego, Rynek 1, tel. (0-81) 532-68-66; Muzeum Martyrologii "Pod Zegarem", ul. Uniwersytecka 1, tel. (0-81) 533-36-78 (wystawa "Historia więzienia w zamku lubelskim i dawnym gmachu gestapo Pod Zegarem").
Literackie oddziały Muzeum w Lublinie to: Muzeum-Dworek Wincentego Pola, ul. Kalinowszczyzna 13, tel. (0-81) 747-24-13 (wystawa pamiątek po poecie żyjącym w latach 1838-1893) oraz Muzeum Literackie im. Józefa Czechowicza, pl. Narutowicza 10, tel. (0-81) 742-24-13 (ekspozycja biograficzna wybitnego poety okresu międzywojennego).