Muzeum zlokalizowane jest w następujących obiektach:

* Ratusz, Rynek Staromiejski 1,
* Kamienica "Pod Gwiazdą", Rynek Staromiejski 35,
* Dom Eskenów, ul. Łazienna 16,
* Dom Kopernika, ul. Kopernika 15-17,
* Spichlerze, ul. Ciasna 4/6/8,
* Spichlerz, ul. Franciszkańska 11,
* Spichlerz, ul. Piekary 4,
* Ruiny Zamku Krzyżackiego, ul. Podzamcze 3


Podstawy muzeum stanowią połączone kolekcje dwóch odrębnych placówek zorganizowanych w Toruniu w 2 poł. XIX w.: Städtlisches Museum, założonego w 1861 r. z siedzibą w Ratuszu oraz polskiego Muzeum Towarzystwa Naukowego w Toruniu, powstałego w 1876, które zespolono w 1930 r. w jedno muzeum mieszczące się w Ratuszu i noszące nazwę Muzeum Miejskie; reaktywowane po wojnie w 1946; w 1950 zmieniło nazwę na Muzeum Pomorskie, a w 1965 otrzymało status Muzeum Okręgowego.

Dział Sztuki Polskiej i Europejskiej - Ratusz - mieści się w ratuszu gotycko-renesansowym budowanym od XIII do końca XIV w., przebudowywanym w latach 1602-1603 przez Antonia van Obbergena, adaptowanym na cele muzealne w latach 1957-1964.

Wśród zbiorów sztuki średniowiecznej i nowożytnej znajdują się obiekty rzeźby i malarstwa z XIV-XVIII w. z terenu dawnego państwa krzyżackiego i Prus Królewskich ( w tym wiele obiektów z Torunia i jego najbliższej okolicy), w odniesieniu do sztuki średniowiecznej także ze Śląska. Do najcenniejszych należą - ze sztuki średniowiecznej: rzeźby Marii i św. Jana z grupy Ukrzyżowania (1330-1350) oraz obraz Chrystus Zbawiciel Świata (2 poł. XV w.)z Bazyliki Katedralnej św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty w Toruniu, krucyfiks z sali sądowej ratusza staromiejskiego w Toruniu (1350), figura Marii Bolesnej z kościoła w Gostkowie k. Torunia (4 ćw. XIV w.), trzy ołtarze szafiaste z XV w.; ze sztuki nowożytnej: zespół toruńskich portretów mieszczańskich od XVI w. do 1 poł. XIX w., w tym najcenniejsze - portret Mikołaja Kopernika z 4 ćw. XVI w., portrety królów polskich stanowiące wystrój Sali Królewskiej Ratusza Staromiejskiego, portrety sarmackie (XVII-XVIII w.) oraz tarcze herbowe toruńskich rodów mieszczańskich; sztuka nowoczesna: malarstwo i rzeźba polska od końca XVIII w. do czasów współczesnych - na uwagę zasługuje malarstwo z okresu Młodej Polski, międzywojennego oraz lat 1945-1980, w zbiorze malarstwa współczesnego dominuje twórczość plastyków toruńskich, zarówno przybyłych z Wilna w 1945 r. (Bronisław Jammont, Tymon Niesiołowski) jak i wielu przedstawicieli młodszego pokolenia związanych z toruńskim środowiskiem uniwersyteckim; rzeźbę polską XIX i XX w. uzupełnia zbiór prac artystów toruńskich; zbiory grafiki: grafika oryginalna oraz rysunki, z wyraźnym podziałem na grupy tematyczne: Toruniana, widoki polskie i z Polską związane, widoki obce, wizerunki osobistości polskich i obcych, w tym najcenniejszy XVIII-wieczny album widoków Torunia oraz zespół prac graficznych z XIX i XX w., a wśród nich szkice F. Kostrzewskiego, J. Matejki, S. Wyspiańskiego a także znaczny zbiór rycin D. Chodowieckiego; kolekcję uzupełnia polska grafika współczesna; zbiory rzemiosła artystycznego - reprezentowane są prawie wszystkie gałęzie rzemiosła od XIV do XIX w., wśród nich najcenniejsze to: kolekcja witraży średniowiecznych ziemi chełmińskiej z XIV-XVI w. pochodzących z kościołów Chełmna i Torunia, kwatery witrażowe z XVI w. z herbami patrycjuszy toruńskich, szkło europejskie z XVI-XIX w. m.in. malowany emaliami puchar z roku 1596 z przedstawieniem cesarza i siedmiu elektorów; ceramika budowlana toruńska XIII-XV w., w tym kafle toruńskie i gdańskie; wyroby z metalu: złotnictwo toruńskie i gdańskie, cechowe i naczynia liturgiczne z XVII-XIX w. ze szczególnym wyróżnieniem "Skarbu ze Skrwilna" - znaleziska biżuterii w Skrwilnie z roku 1961, zespół toruńskich wyrobów cynowych, miedzianych i mosiężnych XVII-XIX w., brązowych XV-XVIII w. wraz z godną uwagi antabą z drzwi Bazyliki Katedralnej św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty w Toruniu w kształcie głowy lwa, prawdopodobnie z warsztatu Apengeterów z ok. 1380 r.; wyroby z drewna, w tym toruńskie meble intarsjowane z XVIII w. i formy piernikowe z XVII-XIX w.; tkaniny - toruńskie chorągwie cechowe oraz sztandary kwaterowe z XVIII-XIX wieku.