Nowe tysiąclecie samorządowe muzea wrocławskie przywitały w zreformowanej strukturze organizacyjnej. Od stycznia 2000 roku uchwałą Rady Miejskiej utworzona została instytucja kultury o nazwie Muzeum Miejskie Wrocławia, w której znalazły się oddziały: Muzeum Archeologiczne, Muzeum Historyczne, Muzeum Sztuki Medalierskiej, Muzeum Militariów, Muzeum Sztuki Mieszczańskiej i Muzeum Sztuki Cmentarnej. Wszystkie oddziały Muzeum Miejskiego, zachowując autonomię merytoryczną, mają wspólnego dyrektora i administrację oraz Radę Muzealną. Dyrekcja muzeum mieści się w klasycystycznej kamienicy wzniesionej ok. 1820 roku wg projektu C. F. Langhansa. Jest tu także biblioteka dawnego Muzeum Historycznego. Zbiory i wystawy stałe znajdują się w oddziałach Muzeum Miejskiego Wrocławia.