Muzeum Narodowe w Gdańsku należy do najstarszych w Polsce. Powstało z połączenia Muzeum Miejskiego (Stadtmuseum, 1870) i Muzeum Rzemiosł Artystycznych (Provinzial-Kunstgewerbemuseum, 1881). Gmach główny zajmuje późnogotycki klasztor franciszkański, adaptowany do celów muzealnych w latach 1867-1871.

Muzeum Miejskie powstało dzięki Fundacji Carla G. Klosego (1794-1868), zapewniającej ekonomiczne warunki rozwoju placówki, oraz kolekcji Jacoba Kabruna (1759-1814), stanowiącej trzon zbiorów, złożonej z kilku tysięcy obrazów, rysunków i rycin mistrzów europejskich od końca XV do początków XIX w., a przekazanej miastu testamentem właściciela.

Z kolei zalążkiem zbiorów Muzeum Rzemiosł Artystycznych stała się zakupiona w 1881 roku kolekcja Ludwika Garbego, składająca się z kilku tysięcy eksponatów (meble, fajanse i wyroby z metali kolorowych). Średniowieczną rzeźbę gdańską i pomorską przekazywały do zbiorów kościoły, a przedmioty rzemiosła artystycznego - cechy. Ważną rolę w powiększaniu zbiorów odegrały darowizny i legaty gdańskich i pomorskich rodzin.

Pod koniec II wojny światowej budynek został zniszczony w 65%, znaczna część zbiorów zaginęła (m.in. wszystkie eksponaty z działu numizmatów oraz sztuki Dalekiego Wschodu), ucierpiały też zasoby biblioteki i dokumentacja muzealna. Pierwszą powojenną ekspozycję otwarto w 1948 r.

W roku 1956 z wojennej tułaczki wrócił tryptyk Sąd Ostateczny Hansa Memlinga (1433-1494) oraz część zbiorów malarstwa, rysunku i rycin. W latach 60. XX w. w organizacyjnych ramach instytucji powstały zalążki zbiorów i koncepcje samodzielnych później placówek muzealnych, takich jak Centralne Muzeum Morskie, Muzeum Archeologiczne i Muzeum Historii Miasta Gdańska.

Muzeum Narodowe w Gdańsku posiada siedem oddziałów. W gmachu głównym mieści się Oddział Sztuki Dawnej, w Pałacu Opatów w Oliwie działa Oddział Sztuki Nowoczesnej, a w Spichlerzu Opackim - Oddział Etnografii. Zielona Brama jest miejscem wystaw czasowych, z kolei zbiory fotograficzne prezentuje Gdańska Galeria Fotografii na gdańskiej starówce. W Będominie k. Kościerzyny w dworku Józefa Wybickiego mieści się Muzeum Hymnu Narodowego, a w Waplewie Wielkim niedawno powołano do życia Muzeum Tradycji Szlacheckiej.