Muzeum Archidiecezjalne w Krakowie podlega Kurii Metropolitalnej w Krakowie na czele której stoi Metropolita Krakowski, obecnie Ks. Kardynał Franciszek Macharski.

Otwarcie Muzeum wraz z ceremonią poświęcenia przez księdza kardynała Franciszka Macharskiego nastąpiło w dniu 5 maja 1994r.
Muzeum gromadzi sztukę religijną w trzech działach: malarstwo, rzeźba i rzemiosło artystyczne. Celem muzeum jest stała prezentacja tysiącletniego dorobku artystycznego w dziedzinie sztuki sakralnej na terenie Archidiecezji Krakowskiej połączone z ochroną i konserwacją zabytkowych obiektów. Muzeum organizuje także wystawy czasowe promujące współczesną sztukę sakralną. Obecna ekspozycja, rozpoczynająca działalność Muzeum prezentuje obiekty sztuki sakralnej ze skarbca kościoła Mariackiego w Krakowie oraz wybrane dzieła sakralne z terenu diecezji ( kościoły w Dębnie, Korzkwi, kościół SS.Bernardynek w Krakowie).