W 1970 r. ze struktury ówczesnego Muzeum Pomorskiego został wyodrębniony Oddział Sztuki Współczesnej, którego celem miało być stworzenie reprezentatywnej galerii plastyki pomorskiej i dokumentacji regionalnych środowisk twórczych. Kiedy Muzeum Pomorskie otrzymało rangę Muzeum Narodowego, postawione zostało przed Oddziałem zadanie tworzenia narodowej kolekcji sztuki współczesnej, dzięki czemu obecnie posiada on zespół dzieł, który odzwierciedla rozwój powojennej plastyki polskiej w jej najwybitniejszych przejawach. W połowie lat 80. zdecydowano jednak, że specyfiką Oddziału ma być dokumentowanie i gromadzenie twórczości regionu Wybrzeża Gdańskiego. Jako jednostka autonomiczna Oddział funkcjonuje od 1989 r.
W jego skład wchodzą pracownie: Malarstwa i Rysunku, Grafiki i Tkaniny Artystycznej, Rzeźby i Ceramiki oraz Dział Teatralny. Kolekcja współczesnego malarstwa i rysunku polskiego obejmuje około 2000 pozycji i w zasadzie pokazuje rozwój wszystkich kierunków i nurtów artystycznych w Polsce po 1945 r., przy czym jej dominantę stanowią dzieła artystów Wybrzeża Gdańskiego (m.in. mikrokolekcja prac H. Stażewskiego i S. Chlebowskiego). Znajdują się w niej także dzieła polskich artystów emigracyjnych (M. Bohusza-Szyszki, M. Kratochwila, H. Nałęcz) oraz malarzy obcych - brytyjskich, francuskich, argentyńskich, japońskich, z USA. W kolekcji grafiki współczesnej twórców polskich i europejskich okresu powojennego przeważa grafika marynistyczna oraz z przedstawieniami Trójmiasta, ale są w niej też prace artystów polskich niezwiązanych z Gdańskiem oraz artystów obcych tej miary, co G. Grass, P. Picasso, G. Braque, F. Leger, M. Chagall, W. Kandinski. Dział Teatralny gromadzi materiały dokumentujące osiągnięcia współczesnej scenografii polskiej, głównie z obszaru Trójmiasta - do najcenniejszych w tym zbiorze należą projekty scenograficzne i projekty kostiumów M. Kołodzieja. Zbiory eksponowane są Pałacu Opackim - Starym, z XV w., w znacznej części gotyckim, oraz Nowym, barokowym, z XVIII w. W 1989 r. otwata została Galeria Polskiej Sztuki Współczesnej (jedna z nielicznych tego typu w kraju), w 1993 r. - Galeria Pałacowa prezentująca unikatowe szkło artystyczne, w 1994 r. - Salon Karykatury Polskiej. Działa także Galeria Promocyjna, w której organizowane są wystawy młodych polskich artystów. W parku wokół pałacu eksponowane są rzeźby.