Urodzony w 1929 r. w Poznaniu z tym miastem związał swoje życie artystyczne i zawodowe. W 1952 r. ukończył Wydział Matematyczno -Przyrodniczy (kierunek fizyka teoretyczna) Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza. Od tego też roku został przyjęty do Poznańskiego Towarzystwa Fotograficznego; w 1971 r. został członkiem Związku Polskich Artystów Fotografików (przez wiele lat wchodził w skład Rady artystycznej ZPAP). W 1978 r. rozpoczął pracę jako wykładowca poznańskiej PWSSP (obecnie Uniwersytet Artystyczny). W latach 1978 – 1989 pełnił funkcję kierownika Pracowni Fotografii, w latach 1987 – 1993 był dziekanem Wydziału Malarstwa, Grafiki i Rzeźby. W 1993 r. uzyskał – jako pierwszy w Polsce – tytuł naukowy profesora sztuk plastycznych z dyscypliny artystycznej fotografia. Był inicjatorem utworzenia – jako pierwszych w polskim szkolnictwie artystycznym – studiów magisterskich na kierunku fotografia. W 1994 r. został kierownikiem Zaocznego Studium Fotografii Profesjonalnej. W późniejszym okresie pełnił funkcję kierownika Pracowni Fotografii Komputerowej. Od 1999 r. współpracował z Wyższą Szkołą Humanistyczno – Ekonomiczną w Łodzi. W okresie aktywności zawodowej profesor Stefan Wojnecki dał się poznać jako wybitny dydaktyk (w roku 2000 otrzymał Medal Komisji Edukacji Narodowej); z grona znamienitych wychowanków profesora można wymienić m.in. Piotra Wołyńskiego i Krzysztofa J. Baranowskiego.

Profesor Stefan Wojnecki był popularyzatorem zarówno teorii fotografii (jako autor kilkudziesięciu artykułów, tekstów teoretycznych i innych publikacji, m.in. skryptu „Moja teoria fotografii”, tekstu poświęconego fotografii cyfrowej i jej związkom z rzeczywistością „Odcinanie pępowiny”, książek „Alchemia szczelinowego otworka” oraz „Fotografia – gwiazda podwójna kultury: pisma z lat 1977 – 2004”), jak i dokonań artystycznych w obszarze tego medium sztuki (głównie jako redaktor katalogów wystaw zbiorowych, organizator warsztatów, wystaw, sympozjów o zasięgu ogólnopolskim i międzynarodowym). Zainicjował utworzenie (w 1998 r.) Naukowego Towarzystwa Fotografii w Poznaniu. Wspólnie z Wojciechem Makowieckim pełnił funkcję komisarza wystawy „Polska Fotografia Intermedialna lat 80-tych”. Był kierownikiem sześciu „Międzynarodowych Warsztatów Fotograficznych PROFILE” (w latach 1991 – 2000), kuratorem wystawy „I Biennale Fotografii Polskiej”.